Какую же роль в последних крестовых походах играли духовно-рыцарские ордена? После падения Акры тевтонские рыцари покинули Святую землю и целиком сосредоточились на борьбе с язычниками в Литве и Пруссии. В 1229 году они перенесли свою штаб-квартиру из Венеции в Мариенбург, к югу от Данцига (современный Гданьск), а после слияния в XIII веке с небольшим орденом меченосцев, который издавна базировался в Ливонии, установили полный контроль над всем восточнобалтийским побережьем, вплоть до Финского залива. Нередко подвергаясь критике со стороны папы римского за стремление поработить язычников, нежели обратить захваченных пленников в христианство, они настойчиво заселяли захваченные прусские земли выходцами из Германии, одновременно извлекая огромные прибыли от торговли в рамках Ганзейской лиги (союза городов). Теперь, когда Святая земля оказалась недоступной для западноевропейских рыцарей, они с удовольствием участвовали в сезонных кампаниях Тевтонского ордена — так называемых «путешествиях» — против язычников-литовцев, пытаясь проявить свои рыцарские достоинства. Так, Генри Болингброк немало «попутешествовал» по Прибалтике, перед тем как захватил английский трон под именем Генриха IV.
В 1386 году Ягайло, великий князь Литовский, решил принять католичество вместе со своими подданными и женился на польской наследной принцессе Ядвиге. А уже в 1410 году армия объединенного польско-литовского государства наголову разбила тевтонских рыцарей в Грюнвальдской битве — погибло более четырехсот рыцарей и сам Великий магистр. После этого начался быстрый закат ордена — он полностью утратил власть как над немцами-мирянами, колонизовавшими Пруссию, так и над соседним Польским королевством. В 1525 году последний Великий магистр тевтонов, Альберт фон Бранденбург-Ансбах перешел в протестантство и распустил орден, превратив его территорию в светское государство. Из пятидесяти пяти оставшихся в Пруссии рыцарей лишь несколько человек остались верны уставу несуществующего ордена. Большинство же обзавелись женами и влились в ряды местной знати, образовав сословие прусского юнкерства. В 1561 году последний управляющий ливонской ветвью тевтонского рыцарства, следуя духу времени, «переквалифицировался» в герцога Курляндского. Оставшиеся члены ордена еще долгое время находились в католической Германии, пока их окончательно не изгнал оттуда Наполеон в 1809 году. Орден был возрожден в качестве почетной духовной корпорации в Австрийской империи в 1834 году.
На Пиренейском полуострове духовно-рыцарские ордена продолжали войну с маврами, но уже подчиняясь непосредственно местным монархам. В Кастилии ордена Сантьяго, Алькантары и Калатравы отвоевывали и защищали земли от нападения мусульман. Орден Алькантары к тому же охранял границу с Португалией в районе Эстремадуры. Все испанские ордена участвовали в знаменитой битве у реки Сальдо в 1340 году, в результате которой испанцы заняли стратегически важную крепость Альгасир. За последующие полтора столетия Реконкиста ограничивалась периодическими рейдами по территории последних владений мавров в Гранаде. И наконец в 1492 году объединенные испанские силы окончательно вытеснили мусульман с Пиренейского полуострова.
После этого испанские рыцарские ордена еще долгое время сохраняли свое влияние и богатство. Госпитальеры являлись самыми крупными землевладельцами в Арагоне, а в Кастилии ордену Алькантары принадлежала половина всех земель в провинции Эстремадура. Постепенно руководство орденов все больше втягивалось в местные политические интриги. Короли и знать упорно старались протолкнуть на магистерские должности своих сыновей — законных и незаконных. В период между 1487 и 1499 годами все кастильские ордена перешли под королевский контроль, а орден Монтесы был присоединен к арагонской короне в 1587 году.
В Португалии орден тамплиеров, с папского разрешения, целиком перешел во вновь созданный королем Дионисием орден Христа. Здесь рыцари также находились под контролем португальских монархов, которые могли назначать на должность магистра своих сыновей или придворных фаворитов. Принц Генрих Мореплаватель, сын Жуана I, взошедший на трон в 1418 году, воспользовался богатствами ордена для организации многочисленных морских экспедиций, в том числе вдоль побережья Африки до мыса Доброй Надежды и далее — до Индии и Китая. В XVI веке полный контроль над орденами перешел к королям, а поскольку в новых папских указах заметно смягчались требования к умеренности во всем, целомудрию и послушанию рыцарей-монахов, то членство в ордене стало просто делом чести и престижа.
Единственным орденом, который по-прежнему активно участвовал в священной войне против мусульман, оставались госпитальеры. В период магистерства Фулько де Вилларе и процесса над тамплиерами они хранили молчание — отчасти из страха навлечь на себя гнев Филиппа Красивого, а отчасти из-за надежды поживиться наследством храмовников. Как же им удалось выжить? Если Гильом Ногаре и вправду происходил из семьи катаров, то, вероятно, он питал к госпитальерам симпатию как к защитникам еретиков во время Альбигойского крестового похода. Тем более что мало кто верил, будто святотатство, ересь и содомия — грехи, присущие исключительно ордену тамплиеров и не свойственные другим монашеским братствам. Однако в отличие от тамплиеров у госпитальеров на службе состояло немало квалифицированных адвокатов, а их резиденция на Родосе находилась вне досягаемости властей. Кроме того, их готовность взять на себя роль лидеров в крестоносной экспедиции отвечала интересам как короля Филиппа IV, так и папы Климента V.
Несмотря на постоянные размолвки между тамплиерами и иоаннитами, отсутствуют свидетельства, что госпитальеры злорадствовали, наблюдая расправу над рыцарями-храмовниками. Различия между орденами всегда были незначительны, и орден Госпиталя относился к храмовникам с уважением. То, что они унаследовали часть собственности тамплиеров, заметно укрепило их престиж, и не столько из-за солидной стоимости этого наследства, сколько потому, что им предстояло продолжить благородное дело своих коллег. Вкупе с их прежними владениями новые земельные приобретения — несмотря на «урезания», сделанные жадными руками Филиппа Красивого и других европейских монархов, — заметно подняли общественный вес ордена, однако, как и предсказывал Жак де Моле, отсутствие конкуренции привело его к постепенному упадку и саморазрушению. В 1343 году папа Климент VI сетовал, что, «по единодушному мнению духовенства и мирян», госпитальеры ничего не делают для реальной защиты христианской веры, и даже предложил создать новый орден, передав ему часть их собственности.
В 1522 году базу госпитальеров на острове Родос захватили турки-оттоманы, и взамен император Карл V в 1530 году предложил им переселиться на Мальту. В 1565 году их столицу, город Валлетту, снова осадили турки, но в результате героической обороны под руководством Великого магистра Жана де Паризо Ла Валлетта госпитальерам удалось удержать крепость, потеряв убитыми двести пятьдесят рыцарей из полуторатысячного гарнизона, и после пятимесячной осады турки отступили. А шесть лет спустя корабли госпитальеров приняли участие в битве у мыса Лепанто, где оттоманский флот был разгромлен.
В XVII веке госпитальеры, к тому времени более известные как мальтийские рыцари, создали мощный флот, который успешно отбивал атаки мусульман с моря и совершал прибыльные набеги на принадлежавшие туркам североафриканские порты. Гребцами на галерах, как правило, были рабы, а капитанами — молодые аристократы из стран, где имелись орденские владения; впоследствии эти капитаны — после выхода на пенсию — становились управляющими многочисленных европейских командорств. Членство в ордене служило удобной синекурой для выходцев из дворянских семей, обеспечивая им безбедное существование. Жизнь в мальтийской столице Валлетте, по словам историка Родерика Кавальеро, была весьма однообразной: «Скука — именно таким словом можно охарактеризовать жизнь на острове. Общая атмосфера, царившая среди городской верхушки, характеризовалась бездушной чопорностью наряду с мелочной и суетливой заботой о дисциплине и соблюдением субординации».